Η εκτροφή των ζώων στο Δήμο Αμυνταίου αποτελεί σημαντικό παράγοντα της τοπικής οικονομίας γι’ αυτό και αποδεικνύεται ιδιαίτερα ισχυρή. Στο Δήμο εκτρέφονται βοοειδή, το μεγαλύτερο μέρος των οποίων βρίσκονται στο Αμύνταιο, αλλά και αρκετά οικόσιτα βοοειδή στους υπόλοιπους οικισμούς, κυρίως σε αυτούς που βρίσκονται στις υπώρειες του Βιτσίου.

Επίσης, σημαντικός είναι και ο αριθμός των προβάτων που εκτρέφονται στους ημιορεινούς και ορεινούς κυρίως οικισμούς του Δήμου, με το μεγαλύτερο αριθμό να εντοπίζεται στην Κέλλη, στο Βαρικό, στο Ξινό Νερό και στις Πέτρες. Σημαντική, τέλος, είναι και η εκτροφή αιγών, κυρίως στην Κέλλη και το Ξινό Νερό.

Η πλειοψηφία του παραγόμενου γάλακτος στο Δήμο Αμυνταίου προέρχεται από τα βοοειδή που εκτρέφονται στην περιοχή, ενώ ακολουθούν η παραγωγή πρόβειου και κατσικίσιου γάλακτος. Στην περιοχή δραστηριοποιείται η γαλακτοβιομηχανία ΦΑΓΕ, που απορροφά το σύνολο της παραγωγής γάλακτος.